Ümberkorraldamisprojekti toetasid hispaanlased Cruz y Ortiz, näituse kujundas Jean-Michel Wilmotte ja restaureerimise viis läbi Van Hoogevest Architecten. Arhitektide ülesandeks oli kohandada eklektika peavoolus asuv mahukas hoone, mille 1885. aastal ehitas Petrus (Pierre) Kuypers, 21. sajandi muuseumi vajadustele. Lopsakas interjöör hajutas eksponaatidelt tähelepanu, ruumi polnud piisavalt nii näituste kui ka kaasneva programmi jaoks, püsinäitust oli võimatu korraldada ühtse süsteemi järgi jne.
Nüüd on kõik 12. – 20. Sajandist pärinevad eksponaadid paigutatud ranges kronoloogilises järjekorras põrandate kaupa alt üles ja kronoloogiat toetab värviskeem: seintel olev värv helendab ülespoole liikudes järk-järgult, ulatudes peaaegu valge moodsa kunsti saalides. Samal ajal olid kõik teosed paigutatud uuel viisil, välja arvatud kõige olulisem - Rembrandti "Öine vahtkond", mis naasis endisesse kohta "Au galeriis", kus Kuldse teosed. Välja on pandud Hollandi kunsti vanus.
Arhitektid blokeerisid muuseumiehituses juba väljakujunenud skeemi järgi kaks klaaskatusega hoone sisehoovi ja süvendasid neid ka -1 korruse tasemele, eemaldades eelnevalt hilisemad laiendused, mis neid hõivasid. Seejärel asetasid nad ühe sisehoovi alla auditooriumi, teise alla muuseumipoe ja kohviku. Sisehoovid ise on muutunud avaraks avalikuks ruumiks, kuhu pääseb ka piletit ostmata. Nende seinad moodustavad muuseumi sisehoovi fassaadid ja uued pinnad on kaetud heledat värvi kiviga. Antonio Cruz ja Antonio Ortiz võtsid arvesse Norman Fosteri viga, kelle Briti muuseumi sisehoovis on igasugune heli selgelt kuuldav ja isegi kajab, nii et Rijksmuseumis summutavad müra valged restid, mille lagedele riputatud heli neelav materjal.
Kuid arhitektide peamine probleem oli kahe sisehoovi ühendamine ühtseks tervikuks. Ajaloolisel hoonel on fassaadi keskel jalakäijate ja jalgratturite koridor, mis võimaldab hoonest kiiret läbipääsu. Rekonstrueerimisprojekt nägi ette selle muutmist muuseumi peasissekäiguks, ühendades mõlemad hoovid, kuid linlased mässasid ja nüüd on koridor säilinud oma algsel kujul, muuseumisse pääseb nelja väikese sissepääsu kaudu ja rajati maa-alune käik selle all sisehoovid omavahel ühendades.
Muuseum suleti rekonstrueerimiseks 2003. aastal ja see pidi avanema juba 2008. aastal. Kümneaastane tööperiood on seletatav asjaoluga, et Amsterdami veega täidetud pinnasesse tuli teha titaanilisi pingutusi maa-aluste tasandite ehitamiseks ja nii keerulise projekti jaoks polnud ühtegi töövõtjat. Arcadise insenerid muutsid hoone uued maa-alused osad struktuuriliselt ajaloolisest struktuurist sõltumatuks, kuna see aeglaselt vaibub. Seetõttu on sisehoovide vahelise maa-aluse käigu kohal asuv maapealne koridor ja "Auvalerii" nüüd üle selle riputatud "sillaks". Kaevatud süvendid täideti kohe veega, nii et need valati allveetööde jaoks spetsiaalse betooniga ja protsessi kontrollisid tuukrid.
Projekti eelarve oli 375 miljonit eurot, kuid see hõlmab ka tiigi keskele paigutatud eraldi Aasia kunsti paviljoni ehitamist, Copijn Landschapsarchitecteni projekti raames pargi kohandamist skulptuuriaiaga (14 500 m2)., teenindussissepääsuhoone ehitamine, ajaloolise joonistamiskooli (Teekenschool) rekonstrueerimine muuseumi hariduskeskusena, samuti Rijksmuseumi lähedal asuva muuseumitöökodade hoone ühinemine teise Kuypersi hoonega - endise Tööohutus ja töötervishoid.
Kuid muuseumi renoveerimine pole veel lõpule jõudnud: see jäi rekonstrueerimise ajaks avatuks
Philipsi tiib muudetakse nüüd kaasaegseks ajutiseks näitusepinnaks. Projekti autorid on ka Cruz y Ortiz.