Hoone asub kivi jalamil, millel asub Akropol. Saidi iseärasuste tõttu on see orienteeritud piki ida-läänetelge, kuid kogu selle ülemise, kolmanda korruse hõivates on Parthenoni galerii hoone põhimahu suhtes järsult paigutatud ja suunatud põhja poole. See mitte ainult ei võimaldanud ülekuumenemise probleemi osaliselt lahendada kuumas kliimas, vaid ühendas saali visuaalselt ka suure templi fassaade kunagi kaunistavate skulptuuridega, muuseumist vähem kui 300 meetri kaugusel asuva Parthenoniga. Selle lahenduse dünaamiline mõju täidab hoone energiaga; selles võib näha teatud sümboolset tähendust: see näib pöörduvat Akropoli, mineviku poole, mis vastab Kreeka valitsuse uues hoones esitatud poliitilisele sõnumile: pöörame kella tagasi ja toome monumendi tagasi selle juurde algne riik (või vähemalt koondage kõik selle osad, mis on nüüd salvestatud Londonis, Pariisis, Palermos, Roomas).
Selline retoorika oleks võinud arhitektuuriprojekti mõjutada: isegi pärast Chumi versiooni võitu konkursil 2001. aastal oli Kreekas muuseumihoone uusklassikalise kujunduse pooldajaid. Klaasi, betooni ja marmori väga varjatud maht annab siiski palju diskreetsema tausta skulptuurikogule arhailisest ajast kuni rooma aegadeni kui mingisugune "historiseeriv" struktuur.
Kuna hoone alt leiti iidsetest aegadest linnakvartali jäänused, otsustati see tõsta maapinnast 100 "hingedega" betoontoele, mis peaks võimaliku maavärina korral vibratsiooni leevendama; esmapilgul on need paigutatud juhuslikult, kuid tegelikult - et mitte arheoloogilisi leide kahjustada. Iidsete majade aluseid saab näha muuseumi esimese korruse korruse avade ja klaasitud alade kaudu, kus asuvad ajutiste näituste esik ja saalid. Sealt tõuseb külastaja teisele korrusele, kus eksponeeritakse kõiki eksponaate, välja arvatud Parthenoni skulptuurid, lisaks on seal avatud terrass koos kohvikuga. Kolmas korrus koos "Parthenoni galeriiga" on ristkülikukujuline klaasitud ruum, mille keskel on betooni maht, korrates templi cella suurust. Kuulus friis koos Panathenaici rongkäiguga on sellel uuesti loodud originaalosadest ja valatutest.
Muuseumis jätkub "kunstitempli" tõsine õhkkond vaatamata eeldatavale tohutule külastajate arvule: müra neelavad arvukad betoonseintesse tehtud ümmargused augud. Lisaks sisekujunduse puudumisele on viidete ja siltide arv viidud miinimumini: miski ei tohiks eksponaatidelt tähelepanu juhtida. Läbimõeldud marsruut hõlbustab kollektsiooni ülevaatamist: alates hoone all asuvatest arheoloogilistest väljakaevamistest kuni teise korruse arhailise skulptuurini, seejärel kolmandal Parthenoni galeriini ja seejärel kuni hellenistlike ja Rooma perioodid.
